تتمتع إمارة الفجيرة بمجموعة من الأنظمة البيئية والمواطن الطبيعية والكائنات الحية التي تشكل تنوعاً بيولوجياً غنيا، وتتميز البيئة البحرية في الإمارة بتاريخ بيئي وتنوع للحياة البحرية، وتم إطلاق العديد من المشاريع التنموية بهدف الحفاظ على النظم والموائل البحرية واستدامة الموار الاحيائية في مواطنها الاصلية وصون الموروث الطبيعي بالإمارة.